Итак, если микробы вдруг не стали одушевленными, то "Доместас" убивает все известные микробы наповал", ибо после глагола "убить", "убивать" объект, к коему это действие применяется, в винительном падеже. Кстати, а можно ли в данном случае употреблять "наповал", ить, как ни крути, а они не валятся.